significa que no estas recorriendo todo tus registros por eso solo te muestra uno, te haria falta un while.
Código PHP:
while ($fila = mysql_fetch_array($vuelos)){
// tu codigo que imprime los campos
$pdf->Cell(0,6,'Codigo de vuelo: '.$fila['vue_cod'],0,1);
$pdf->Cell(0,6,'Matricula Aeronave: '.$fila['avi_matric'],0,1);
// y lo que continua ...
}