Si estas escribiendo en el puerto paralelo y leyendo el serial en el mismo programa entonces primero necesitas crear hilos y ejecutar cada parte (leer paralelo/serial) en un hilo.
http://docs.oracle.com/javase/6/docs...ng/Thread.html
El hilo que escribe al puerto paralelo no necesita ejecutar
sleep. Debes ejecutar
wait(long timeout). Con esto el hilo se "duerme" por el tiempo que elijas. Si no se recibe una notificacion durante ese tiempo, se despierta y continua ejecutandose.
Desde el hilo que lee del puerto serial, tienes que ejecutar un
notify() hacia el hilo del puerto paralelo para que se despierte