Hola como estas
Es una de las primeras cosas que me he pregunte cuando empeze a ver tanto Entity fr. y linq, porque al las clases (por ejemplo persona, productos) quedan dependientes, por lo tanto como tu dices, casi no puedes separar en una capa de negocios, directamente las validaciones y tantas cosas estan en las clases.
Tienes varias formas de solucionar esto. Hay algunas caracteristicas que le puedes agregar a visual studio para que te separe las clases y no tengan dependencia de e.f. Hay dos una es "POCO Template" y la otra es "Self Tracking". Lo que haces es que te separan las clases y como comente quedan separadas las clases y por lo tanto te permite crear las distintas capas que necesites sin tenes todo junto.
Te dejo un tutorial muy bueno de Self Tracking
http://geeks.ms/blogs/adiazmartin/ar...ework-4-0.aspx
Ahora con respecto a lo que vos comentas sobre el proyecto depende mucho como le guste a uno trabajar, la experiencia, el conocimiento, el tipo de proyecto etc.
Por mi parte yo lo que suelo hacer cuando uso E.F, creo un nuevo proyecto que donde está E.F y esa la uso como mi capa de datos, en otro proyecto tengo las clases separadas (que las usas WCF) y otro proyecto que tengo con la capa de negocios.
Algunos he visto que aparte del proyecto de E.F crean otra capa para Datos, yo en mi caso no.