puedes utilizar el plugin jQuery.cascade, primero pones tu codigo y cargas las regiones.
   Código HTML:
 Region: 
<select id="regiones">
<?php
while ($regiones=mysql_fetch_object($sql)){
   print "<option value='".$regiones->id."'>".$regiones->region."</option>";
}
?>
</select>
Ciudad
<select id="ciudades">
</select>  y en tu javascript  
Código:
 function commonTemplate(item) {
    return "<option value='" + item.Value + "'>" + item.Text + "</option>";
};
function commonMatch(selectedValue) {
    return this.When == selectedValue;
};
$(document).ready(function(){
     $("#ciudades").cascade("#region",{
        ajax: {url: './funciones/buscar_ciudad.php'},
        template: commonTemplate,
        match: commonMatch
      });
});
  Necesitaras bajar el jquery y el plugin jquery.cascade