Gracias oktubre!.
Con lo de los espacios que comentas solucioné ese error. Quité el espacio antes del where. El caso que con consultas simples ese espacio no da problemas.¿?. El espacio en el ejemplo anterior "a.Cod igo" salío por ponerlo en color rojo...¿?.. pero si, el campo es "CodigoMarcasEmpresa".
$where = "WHERE datosempresa.CodigoMarcasEmpresa=marcasempresa.Cod igoMarcasEmpresa";
$sql = "SELECT Nombre, NombreMarca FROM datosempresa, marcasempresa".$where;
El caso que si ejecuto la select en phpMyAdmin como indicas no me da este tipo de problemas.
Ahora me sale el error: Not unique table/alias: 'datosempresa'...
Gracias a todos y buena semana!!