empecemos por partes:
PHP es un lenguaje del lado del server que básicamente dumpea un resultado HTML (entre otras cosas), así que a un robot le es indiferente la estructura interna de php, porque lo que él obtendría es el mismo HTML que obtienes en el navegador.
Hay muchas y variadas formas de implementar includes con PHP, desde la más básica como es la que tienes hasta las más sofisticadas con patrones como MVC.
En lo que debes de preocuparte es que tu HTML sea optimo para SEO (robots de buscadores) y éso lo consigues informándote sobre el tema, ajustando tu código PHP para que genere el HTML según tus necesidades.
Entre practicas adicionales tenemos:
Url Amigables (técnicamente conocido como Sobreescritura de la URL, Mod_rewrite en apache)
Sitemaps XML
configurar robots.txt
suerte
