No existen las consultas condicionales en MySQL. Y menos para trabajar entre dos tablas que no se relacionan.
Por otro lado, No es cierto que haya poca información al respecto. Tienes que buscar bien:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...re-syntax.html
Y en todo caso,
buscar mejor.
Lo esencial es esto:
Necesitas hacer consultas diferentes decidiendo en un IF ... THEN / ELSE / END IF, y
esa estructura sólo existe en MyQSL dentro de los STORED PROCEDURES.