duda facturacion electronica

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Debes escoger el lenguaje de programacion con el cual desarrollaras tu sistema, mejor si es uno que ya conoces.

Creas tu base de datos como cualquier otra aplicacion, puede ser:
- tabla de clientes
- tabla de productos
- cabecero de facturas
- detalle de facturas
- tabla para contener los folios

Luego dependiendo del lenguaje, digamos .NET, este tiene una librerias critptograficas que te permiten generar el sello digital, es algo como:
MIFACTURA01-CLIENTE01-PRODUCTO01-$200 (ejemplo) esta es la cadena

12809834UYuipiuQWEPIU -> resultado del SHA1, generado a partir de la cadena

ASDKLASDK"LKI[pioewrq908*(_)*D_)A*SD=023123jiou--> Esto es lo que se genera luego del SHA1 cuando le aplicas el .KEY de tu sello digital del SAT (generado a traves de la biblioteca con funciones criptograficas de .net

Guardar la informacion en un XML y en tu base de datos.
Generar el PDF u otra forma que puedas imprimir y enviar por email