Como ingeniero de software deberias tener conocimiento de metodologias de desarrollo como metodologias Agiles o las tradicionales (cascada, espiral, etc.)
Tambien en mi opinion (y experiencia) debes conocer sobre administracion de proyectos. Puedes estudiar
CMMi (Capability and Maturity Model Integrated). La version actual de CMMi es la 1.3. Puedes bajar una copia de la version 1.2 en español
http://www.sei.cmu.edu/cmmi/solutions/translations/
Igual tendrias que saber sobre las herramientas para la administracion de proyectos. Entre otras existen
Microsoft Project o
Rational Team Concert (existe una version gratuita)
Como desarrollador de software si deberias tener conocimiento de varios lenguajes de programacion. Para web puedes escoger entre .NET, Java, PHP.
Tambien debes tener conocimiento de administracion y desarrollo en varios motores de bases de datos como SQL server, Oracle, DB2
Por ultimo, conocimientos de administracion de sistemas operativos como Windows Server o Linux