Si vas a desinstalar programas debes eliminar los puntos de restauración después de comprobar que no existen problemas principalmente con el Explorador de Windows, Internet Explorer, Messenger, Windows Media Player, Microsoft Office.
Incluso en lugar de solo eliminar los puntos de restauración excepto el más reciente simplemente deberías desactivar temporalmente "Restaurar sistema" para eliminar previamente todos los puntos de restauración y los archivos bases de datos inamovibles que maneja. Ya que la Comprobación de errores o la Desfragmentación de la unidad de sistema (del sistema operativo) elimina los puntos de restauración incluyendo el más reciente.
En resumen a lo anterior. La liberación de espacio en disco y la desfragmentación de disco o unidades lógicas (particiones) es necesaria para que se reutilicen los sectores con datos antiguos, y se segmenten los datos de archivos en áreas más contiguas (clústers o unidades de asignación) y accesibles con los fragmentos de archivos más importantes y de mayor uso. Las tablas de metatadoss de archivos del sistema de archivos también se fragmentan, y puedes comprobarlo con el desfragmentador PerfectDisk que también muestra los archivos no desfragmentados, y el nivel de fragmentación de estas tablas es considerable -principalmente la MFT y USN cuando instalas programas incluyendo videojuegos que copian miles de archivos (más de 50000 inclusive).