Mira, si usas la herramienta highlight del foro, queda mucho más legible (y es más fácil ayudarte!)
Código PHP:
<?php
$dbhost = 'localhost';
$dbuser = 'local';
$dbpass = 'local';
$conn = mysql_connect($dbhost, $dbuser, $dbpass) or die('Error connecting to mysql');
$dbname = 'pruebas';
mysql_select_db($dbname);
$query = "select reference from product_attribute";
$result = mysql_query($query);
while ($row = mysql_fetch_array($result)) {
//if ($row['reference']!="")
//{
$conection = mssql_connect("localhost", "local", "local") or die("no se puede conectar a SQL Server");
//aqui selecciono la base Northwind que ya trae MS SQL v.8 como ejemplo
mssql_select_db("Northwind", $conection);
//tu consulta la asignas a un string $SQL
$SQL = "SELECT UnitsInStock FROM Products where ProductID='" . $row['reference'] . "'";
echo ($row['reference']);
$result = mssql_query($SQL, $conection);
while ($row2 = mssql_fetch_array($result)) {
$conn2 = mysql_connect($dbhost, $dbuser, $dbpass) or die('Error pincha mysql');
$dbname = 'pruebas';
mysql_select_db($dbname, $conn2);
$query2 = "update ps_product_attribute set quantity='" . $row2['UnitsInStock'] . "' where reference='" . $row['reference'] . "'";
echo ("update");
mysql_query($query2, $conn2);
}
mssql_close($conection);
}
mysql_close($conn);
?>
PD: Prueba a cambiar tu segundo $result a otro nombre ;)