Todos los directorios de tu web deberían tener un fichero index.html o index.php (recomiendo el segundo). Ya no solo por SEO, sino también por seguridad. Es un problema que alguien pueda ver los contenidos de los directorios. Y si no tienes index.hml y ademas tienes el servidor web mal configurado (que puede pasar) cualquiera puede ojear los contenidos de los directorios.
Asumiendo que hay que tener un index, a partir de ahí, el contenido que tengan dichos indices ya es cuestión tuya. En algunos sistemas suelen añadir una redirección al índice de la página o al índice mas relacionado con ese directorio.
No acabo de imaginarme porqué es un problema en tu caso hacer un índice enlazando a los contenidos de ese directorio. Vayamos por partes.
Cita: Y evidentemente nosotros NO tenemos un index personalizado para cada categoría, o bien porque son muchas,
Si estamos hablando de hacerlos a mano, entonces lo entiendo. Sino no veo porqué la cantidad es un problema. Seguro que puedes encontrar algun script sencillito que te hace un index.html enlazando a los html que haya en ese directorio, o a los que te interese enlazar
Cita: o bien porque corremos el peligro de crear contenido duplicado
Eso entiendo que solo pasaría si los contenidos propios de cada página son tan pocos que estarias repitiendote al listarlos. Por hacer un indice con enlaces no creo que cayeras en contenido repetido. En el peor de los casos, añades la url del índice al robots.txt y listos.
Cita: o bien porque lo unico que conseguiríamos sería cabrear más al personal al ponerles un paso intermedio innecesario en su busqueda de información y aumentar el porcentaje de rebote.
No tienen porque pasar por ese índice si no te interesa. Estamos hablando de alguien que cambia la URL a mano.