Problema con include y ajax

[cyber_dark]

Saludos, al querer cambiar la forma de mi codigo, me dio problemas con los include tengo algo asi:

un archivo index.php

<?
$_get[algo]
$_get[algo]

$sql(conexion)

include(Ruta/prueba.php)
?>

prueba.php
<?
while($row = mysql_fetch_array($sql))
{
contenido
}
?>


Y un archivo js que manda los datos get al archivo index.php, el problema es que cuando doy click para madar los datos dice: Warning: include(Ruta/prueba.php) [function.include]: failed to open stream: No such file or directory

Pero si en lugar de poner los archivos separados lo pongo todo en uno mismo si funciona hay una forma de arreglar esto asi que se queden separados?