Algo como esto en tu bucle de paginación debería valerte
$num_paginas = 3;
for ($i=1; $i<=$total_paginas; $i++){
if ($pagina == $i)
echo "<b>".$pagina."</b> ";
else
echo "<a href='paginacion.php?pagina=$i'>$i</a> ";
if (($i == $num_paginas) && ($total_paginas > $i + $num_paginas))
$i = $total_paginas - $num_paginas;
}