No estoy seguro a que te refieres con "sobrescribiendo", cuando haces un backup a disco tienes la opción de guardar en el fichero múltiples copias o solo la última.
Código:
--se acumulan los backup en el fichero .bak
backup database [nombre] to disk='C:\Tupath\tuarchivo.bak'
go
--con with init se borra el contenido del .bak antes del backup
backup database [nombre] to disk='C:\Tupath\tuarchivo.bak' with init
go
Saludos