Mirando las nuevas desde un punto de vista semántico podemos definir <article> como la unidad semántica más baja, por lo que dentro de un <article> no podrá ir un <section>.
Los divs seguirán utilizándose para definir los espacios dentro de tu diseño web, digamos que seguirán siendo cajas contenedoras para colocar los diferentes elementos.
Por ejemplo un para un post y sus comentarios, tendrías un section para el post, un article para el texto e imagen y otra section con los comentarios organizados en articles.
<section class="post">
<header><h3>Título del post<h3><header>
<article>Descripción del post</article>
<section class="comentarios">
<article>Comentario1</article>
<article>Comentario2</article>
<article>Comentario3</article>
<article>ComentarioN</article>
</section>
</section>