No entiendo bien, en primer lugar, Si usas IE9 o cualquier otro navegador en su versión de PC (FF, Chrome, etc) y vas a youtube.com, utiliza un <object> / <embed> para reproducir via un reproductor hecho en flash. Basta con que desactives Flash para que te aparezca esto
Es necesario actualizar Adobe Flash Player para ver este vídeo.
Descárgalo en la página de Adobe.
Si queres ver you tube con html5 tenes que dirigirte a
http://www.youtube.com/html5?hl=es , que según ellos mismo ahi dicen
Esta es una versión de prueba opcional de vídeos HTML5 en YouTube
En el caso de móbiles, puede variar un poco, pero basicamente te vincula los videos haciendo streaming de archivos con formato .3gp, en algunos casos te da la opción de descargar una aplicación (para windows mobile, por ejemplo).
En el caso de tu página estas insertando un iframe via js, que carga el video con el reproductor flash estandar de you tube
Finalmente, para identificar los frames del video, este debe de estar acondicionado para eso (hay aplicaciones que insertan al archivo un indice con los numeros de los mismos)
SAludos