Hola,
El JDK es el Java Development Kit, un conjunto de herramientas para construir programas en Java, como por ejemplo, javac, javap, etc. El SDK es el Software Development Kit, que también es un conjunto de herramientas adicionales para construir aplicaciones pero en J2EE.
Posiblemente, y digo posiblemente porque no puedo estar completamente seguro, cuando hicieron Java el término SDK ya era utilizado para muchas herramientas así que optaron por un nombre mas específico como es JDK, actualmente al incluir herramientas como NetBeans y Glassfish el término SDK para indicar que incluye el JDK y otras herramientas queda más adecuado.
Aunque habría que preguntarle a James Gosling o a los empleados de Sun porque el JDK se llama JDK.
Saludos,