Muchisimas gracias por tu ayuda.. Me arrojaba un error en ifnull como funcion desconocida, la query quedo de la siguiente manera:
Código PHP:
SELECT
A1.CODIGOART,
A1.DESCRIP,
A1.STOCK,
A1.CODIGOARTNUEVO,
A2.STOCK STOCK2
FROM ARTICULO A1 LEFT JOIN ARTICULO A2 ON A2.CODIGOART = A1.CODIGOARTNUEVO
WHERE
A1.STOCK >= 1
AND A2.stock >= 0
AND (A1.CODIGOARTNUEVO IS NOT NULL OR A2.CODIGOARTNUEVO IS NOT NULL)
AND (A1.CODIGOARTNUEVO NOT IN('', '1') OR A2.CODIGOARTNUEVO NOT IN('', '1'));
y funciona sin problema, te agradezco mucho y buen día!!