Hola turfeano:
Creo que estás complicando demasiado la consulta, checa este script creo que obtienes el mismo resultado con una consulta más sencilla:
Código MySQL:
Ver original+------+--------+
| id | nombre |
+------+--------+
| 1 | doc1 |
| 2 | docu2 |
+------+--------+
+------+-------+---------+
+------+-------+---------+
| 1 | 1 | 1 |
| 2 | 1 | 2 |
| 3 | 2 | 1 |
| 4 | 2 | 2 |
| 5 | 2 | 3 |
+------+-------+---------+
+------+--------+-------------+
| id | nombre | max_version |
+------+--------+-------------+
| 1 | doc1 | 2 |
| 2 | docu2 | 3 |
+------+--------+-------------+
Recuerda también generar los índices respectivos para que las consultas sean más rápidas.
Saludos
Leo.