lo ideal seria que todo este en un solo dominio y que lo dividas por secciones , las cuales entren en carpetas cada cual con el nombre de determinada seccion
y lo de horizontal o vertical el diseño no importa del codigo pero si la semantica , esto es no utilices codigo html o xhtml para dar efectos visuales para ello utiliza css
lo basico en semantica h1 h2 etc etc para titulos <p> para parrafos, ul u ol li para listas menus etc busca mas a fondo sobre semantica.. pero la idea es esa