Ya lo resolvi
Código PHP:
$imagen='mi imagen.png';
$Ax=200;
,$Ay=150;
$ventanaAncho=800;
$ventanaAlto=300;
$im = imagecreatefrompng($imagen);
//conservar transparencia
imagealphablending($im, true);
imagesavealpha($im, true);
$thumb = imagecreate($ventanaAncho,$ventanaAlto);
imagecopyresampled($thumb,$im, 0 , 0 ,$Ax ,$Ay ,$ventanaAncho,$ventanaAlto,$ventanaAncho,$ventanaAlto);
imagepng($thumb,$nombreimg.'.png');