lei varias veces tu post, y no entiendo a que te referís, vamos a suponer que construiste correctamente el mod_rewrite.
Por ejemplo
Código Apache:
Ver originalRewriteEngine On
RewriteRule ^([^/]*)$ /index.php?id=$1 [L]
No veo porque eseo tenga que recargarte nada, a menos que tus javascripts tengan algo que produzca el refresh
Podés poner el ejemplo comleto, incluido tu .htaccess
Saludos