Yo considero que sin importar el tamaño de un framework debe contar con funciones para seguridad, sobre todo si tu pequeña aplicación va a tratar la entrada de los usuarios.
Aunque no estoy seguro de que caracteristicas sean fundamentales, pero vamos, que si es para la web debes tener funciones realmente de utiidad.
No he probado en realidad ninguno de dichos frameworks que mencionas, otro caso es FatFree, suelo usar el mio.
Que sea un solo archivo no es problema, sin embargo yo consideraría por cuestiones de desarrollo que lo separes lo mas posible. La versión en producción puede ser un solo archivo sin comentarios ni espacios de mas, y además concatenado.
Yo suelo usar la instrucción de php para eso último.
Cita: php -w script.php > script.min.php
Es practico un sólo archivo al momento de hacer deploy, eso si.