Hola,
Justo cuando haces
Código PHP:
<? include ("template.php") ?>
se ejecuta la linea
Código PHP:
$templatenews="<table><tr><td>$saludo</td></tr></table>....."
usando el valor que tenga $saludo en ese momento. A partir de ahi, $templatenews tiene como valor una cadena de texto a la que no afecta los cambios de valor de $saludo.
Podrias usar la solucion de juque, o meter todo el codigo de template.php en una funcion a la que pases como parametros $saludo y el resto de variables cuyos valores quieres mostrar.
Saludos.
PD: No he entendido muy bien que es lo que quieres decir con "esa variable $saludo hace conexion con mysql para que aparezcan datos en esa zona "