¿Quién dijo que no se pudiera? :P
Tú preguntaste qué elegir: lo correcto para cualquier zip es binario. Lo normal es que el programa de ftp determine si es ascii o binario automáticamente (es cuestión de configurarlo).
¿Qué es ascii?:
http://www.terra.com/informatica/que-es/ascii.cfm
Más información en Google:
http://www.google.com/search?sourcei...es+ascii%3F%22 