Si utilizas las tablas de la base de datos mysql de tu servidor, entonces estarás creando usuarios de mysql. Si lo que quieres es un control de usuarios de tu aplicación, lo normal sería que desarrolles tus propias tablas y su correspondiente lógica. No tiene nada de seguro crear usuarios de mysql para una aplicación que nada tiene que ver, de hecho es una pésima idea. Por el contrario, es un gran problema de seguridad desde el momento que todo el mundo tiene acceso a la base de datos. Por otro lado, usar los usuarios de mysql no te permite crear un perfil o agregar información adicional. Tampoco podrás otorgar permisos especiales relacionados con la aplicación. Este tema está ampliamente desarrollado en este foro y en muchos otros, las funciones mysql para administrar usuarios están aquí:
http://www.google.com/url?sa=t&rct=j...LVg_-g&cad=rja
Saludos,