Evidentemente si consultas las últimas 48 horas pero los usuarios pueden modificar todo, entonces no hay sincronización. De todas maneras trabajar con una base de datos tampoco parece una buena alternativa, es lento y costoso. Una solución es algún tipo de cache donde guardas, en este caso, los email de las últimas 48 horas. Cuando el usuario consulta algún dato previo a esa fecha entonces vuelves a llamar a tu servidor IMAP. Puedes utilizar Memcached:
http://de2.php.net/manual/en/book.memcached.php
Salu2