añade esta regla de CI2
RewriteCond $1 !^(index\.php|images|assets|robots\.txt)
cambiando images|assets|robots por tus propios directorios separados por
|
pero lo cierto es que con lo que tienes, te debería funcionar, yo por lo general utilizo la de Symfony, incluso para proyectos sin dicho FW:
Código Apache:
Ver original<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^(.*)$ index.php [QSA,L]
</IfModule>