¿Sólo te actualiza un registro?
Quizás es porque este código:
Código PHP:
WHERE MAR_CODTRA = '$codigoTrab[$i]' AND (MAR_DESDE >= '$fechaDsd[$i]' AND MAR_HASTA <= '$fechaHst[$i]')";
especifica que cambie sólo el registro con el MAR_CODTRA igual a $codigoTrab[$i]. Si solo hay un registro que cumple esto, sólo actualizará un registro: ese mismo.