Permisos a usuarios

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Para eso que comentas lo ideal sería que contactes con tu proveedor del alojamiento, ya que es posible que puedan configurar cuentas de FTP para determinados usuarios. Esto en alojamiento compartido lo normal es que no lo hagan pero por preguntar no pierdes nada.

Si no, otra opción es acceder a esas subcarpetas a través del dominio, osea, a través del navegador pero proteger esos directorios con contraseña. Por ejemplo en el panel de control cpanel existe una herramienta que sirve para proteger directorios con contraseña y de esta forma solo los usuarios que autorices tendrían acceso al contenido de esas carpetas. Esta herramienta ya se encarga de configurar el htaccess de forma que se solicite el usuario y contraseña al acceder a esas carpetas.

Puedes buscar info por la red sobre proteger directorios con contraseña si quieres configurarlo directamente en el htacces porque tu proveedor no te facilite esa posibilidad.