Cita:
Iniciado por Ribon 
tiene dominio2.com contenido duplicado (según el indexador) de dominio1.com?
o al estar apuntando a la misma IP y el mismo DNS el buscador sabe que ambos sitios son del mismo propietario?
Por supuesto que tienes contenido duplicado. Siempre que la URL cambie pero el contenido sea el mismo (como en este caso) será contenido duplicado y solo posicionará uno de ellos.
Hay opciones para alojar la carpeta fuera de html_public y así solo se podrá acceder desde el otro dominio en vez desde los dos.