Los dos dominios (.com y .net) son globales, así que no vas tener problemas en posicionarlos mundialmente. Así como también los son los .org, .info y .biz.
En cuanto al SEO, muchos te dirán que si tienes la oportunidad, escogieras el .com (es más conocido y tiene "más fuerza"), pero si te curras un .net, no te tiene por qué dar problemas. No todo es tan objetivo como se piensa. No hay tanta diferencia al fin y al cabo.
Si ya tienes en mente un nombre de dominio pero no está disponible en .com, pilla el .net, pero si tienes otra alternativa para coger un .com, coge el .com... O si tienes dinero, coge ambos.
