Deberías consevar las dos, tanto las antiguas páginas en html como las nuevas en php. Pero para ello, deberías poner en cada página antigua en html una redirección 301 hacia las nuevas en php, así ayudarás a Google y demás buscadores a indexar la nueva extensión sustituyendo la misma (así ni perderás las visitas que te entren por el buscador, ni tendrás contenido duplicado).
