Lo que pasa es como inicias tu matriz.
La primera expresión [0] * N, devuelve una lista con N ceros, y los ceros al ser inmutables no pasa nada. Pero la segunda expresión devuelve N copias de listas con N ceros y las listas como es bien sabido, son mutables. Por eso si imprimes tu matriz veras que todas las filas son iguales.
Para evitar esto debes de hacer lo siguiente:
Para iniciar tu matriz.