Pues el problema es que Mysql no soporta "Entidad Relación" .. Las relaciones de claves foraneas entre tablas se hacen "a programación" .. (salvo en tablas InnoDB )
De los mejores GUI para Mysql que he visto y probado:
Mysql Studio
www.mysqlstudio.com
Mysql Manager
www.mysqlmanager.com
Por lo menos te permite hacer consultas con ayuda de "asistentes" en modo "gráfico" .. reportes y algunas cosas más. No lo he probado .. pero tal vez con tablas InnoDB puedas desplegar tu diagrama "entidad relación". (Ambos son de pago)
Un saludo,