Z-index, ¿como evitar su herencia fuera del primer padre?

[kseso?]

Con css no puede lograr que un elemento esté fuera y después dentro de otro en el etiquetado html. Otra cosa es que visualmente parezca que. Esto es, posicionarlo dentro o fuera de su ancestro. Pero sólo a efectos visuales. Nunca a nivel de código html.

Por otro lado, en los gecko (firefox incluido), el z-index lo procesa, para entendernos, anteponiendo al valor declarado del hijo, el del padre (computado o declarado).
Esto es, si el padre tiene un valor de 50, los hijos entre ellos y con relación a su padre es como si tuviesen 50.X, 50.Y etc, por lo que nunca se mostrarán por debajo de su padre.

En su caso, si necesita que una caja pase por debajo de otra (eje z) debe escribirlo en el html fuera (ser hermanos o descendiente de un hermano)
De esta manera puede posicionarlo inicialmente en una posición determinada y cambiarla con las @keyframes.