sentencias condicionales anidadas, un if dentro de otro if

[Okapps]

Hola, aun no entiendo cuando y porque se usa un if dentro de otro if, si perfectamente se puede usar un elif, por ejemplo ando solucionando este problema:

Diseña un programa que, dados dos números enteros, muestre por pantalla uno de estos mensajes:
1.El segundo es el cuadrado exacto del primero.
2. El segundo es menor que el cuadrado del primero O El segundo es mayor que el cuadrado del primero.

Dependiendo de la verificación de la condición correspondiente al significado de cada mensaje.

Lo hago perfecto con elif, pero con if, si dos o mas se cumplen, imprime los resultados.

Agradeceria una explicación un poco autodidacta de ustedes, ya que los libros no entiendo mucho.

Muchas Gracias.