Holas,
Cita: 1- ¿Sería bueno hacer un sistema para la gestión, agenda , historial médico y facturación como lo es "oftalmosalus.com", en PHP y otras tecnologías?
Claro que se puede en PHP en la lado del servidor y en el lado del cliente pudes optar por jquery, o dojo, o Ext Js. o algun framework javascript.
Cita: 2- ¿Sería mejor idea un sistema web ya dicho en PHP alojado en un hosting deluxe, o seria mejor alojarlo en una maquina principal en dicho consultorio ?
Todo depende del alcance o los procesos que vayas ha realizar, si todo el proceso se realiza solo en el hospital o tambien los vayas hacer desde fuera del hospital; Hosting no creo, pero un servidor dedicado (no compartido) creo que seria mejor. Tambien depende si tienes suficiente dinero para rentar un servidor dedicado o sino un servidor localmente en el mismo hospital.
Cita: 3- ¿Es muy muy importante, comprar el certificado SSL, para mayor seguridad de los datos?
Claro que si, puedes comprar un certificado si optas por comprar un servidor dedicado de afuera, o sino puedes generar un mismo certificado localmente si tienes un servidor localmente en el hospital.
Cita: 4- ¿Ustedes lo harian desde cero o usando algún Framework en PHP como CakePHP, Zend o CodeIgniter?
Es posible hacerlo desde cero, pero seria nuevamente reinvertar la rueda, cuando ya existen frameworks que lo hacen, y existe una comunidad que trabaja con el framework.
Saludos