Restar dos campos de dos tablas que no están relacionadas

[gnzsoloyo]

pero me sale error
#1248 - Every derived table must have its own alias

Lo que necesitas es un traductor de inglés. Te sugiero usar el de Google.
Eso significa:

"Cada tabla derivada debe tener su propio alias."

Y lo que implica es que estás haciendo una subconsulta en el FROM sin ponerle el correspondiente alias... Es una regla básica del SQL.

Código MySQL:

SELECT 
    SUM(TOTAL)
FROM 
    (SELECT productos.id, SUM( cantidad * entrada_salida ) TOTAL
    FROM inventario INNER JOIN productos ON inventario.productos_id = productos.id
    WHERE 1
    GROUP BY productos_id
    UNION ALL
    SELECT productos.id, SUM((proformas_has_productos.cantidad)*(-1)) AS TOTAL
    FROM proformas_has_productos
    INNER JOIN productos ON proformas_has_productos.productos_id = productos.id
    WHERE 1
    GROUP BY productos_id)
 

¿Ves el cierre del paréntesis final? ¿Dónde está el alias?
En ninguna parte.

Código MySQL:

SELECT 
    SUM(TOTAL)
FROM 
    (SELECT productos.id, SUM( cantidad * entrada_salida ) TOTAL
    FROM inventario INNER JOIN productos ON inventario.productos_id = productos.id
    WHERE 1
    GROUP BY productos_id
    UNION ALL
    SELECT productos.id, SUM((proformas_has_productos.cantidad)*(-1)) TOTAL
    FROM proformas_has_productos
    INNER JOIN productos ON proformas_has_productos.productos_id = productos.id
    WHERE 1
    GROUP BY productos_id) T1