buenas,
la clave esta en usar words boundaries. estos te permiten anclar un patrón a un punto específico de la cadena sin tener que seleccionar o indicar el caracter. en javascript tienes dos tipos de words boundaries, \b y \B.
Código:
":3= (:3) height:30em; :3 :3".replace(/\B:3\b/g, "--");
// "--= (--) height:30em; -- --"