Claro que puedes! De hecho no necesitas cambiar el código demasiado:
Código PHP:
$conecta mysql_connect (Tus datos del servidor)
$conexionDB1 = mysql_select_db(base de datos1, $conecta)
$conexionDB2 = mysql_select_db(base de datos2, $conecta)
El problema de esta solución es que deberás especificar en cada consulta al SQL la database. Es decir;
mysql_query($conexionDB1).
Otra alternativa si no necesitas switchear todo el rato es:
mysql_select_db(base de datos1, $conecta)
funciones a DB 1...
blablabla
blabalbla
mysql_select_db(base de datos2, $conecta)
bloblbobl
lboblbob
lbllbbobo.
Con esta solución no deberías de indicar la conexión, pero es más sucia si debes cambiar de DB todo el rato.
Saludos!