Si no es la primera vez que te baja posiciones por eso, ¿no has aprendido nada? Deja las cosas como están.
Está bien que tengas inquietudes y ganas por experimentar (todos los hemos tenido alguna vez), pero cuando has visto que algo no te ha reportado beneficio alguno, mejor dejar las cosas en su sitio, funcionando.
Ahora trata de tener paciencia, a ver si ahora que se ha restablecido el .htaccess, vuelve a aparecer.