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[ocp001a]

¿Entonces tu duda es sobre cómo imprimir el enlace con php?
De ser así sólo necesitas conocer como se manejan las comillas simples y dobles en php.

Por ejemplo, esto
<a href="/index.htm" target="_blank" onClick="window.open(this.href, this.target, 'width=300,height=400'); return false;">Lanzar correctamente</a>

se puede imprimir así:

echo "<a href=\"/index.htm\" target=\"_blank\" onClick=\"window.open(this.href, this.target, 'width=300,height=400'); return false;\">Lanzar correctamente</a>";

En tu caso concreto

Código PHP:

echo "<a href=\"popup2.php?ID_articulo=$row[ID_dos]\" target=\"_blank\" onClick=\"window.open(this.href, this.target, 'width=300,height=400'); return false;\">Lanzar correctamente</a>";
 

o bien

Código PHP:

echo "<a href=\"popup2.php?ID_articulo=".$row['ID_dos']."\" target=\"_blank\" onClick=\"window.open(this.href, this.target, 'width=300,height=400'); return false;\">Lanzar correctamente</a>";
 

o bien

Código PHP:

echo '<a href="popup2.php?ID_articulo='.$row['ID_dos'].'" target="_blank" onClick="window.open(this.href, this.target, \'width=300,height=400\'); return false;">Lanzar correctamente</a>';
 

Hay muchas maneras, ésta última sería teóricamente la "más correcta"