en el código php tienes que agregar lo siguiente:
Código PHP:
if (file_exists("upload/" . $_FILES["file"]["name"]))
{
echo $_FILES["file"]["name"] . " already exists. ";
}
else
{
move_uploaded_file($_FILES["file"]["tmp_name"],
"upload/" . $_FILES["file"]["name"]);
}
donde "upload/" es la carpeta donde pondras el archivo.