Hola, intiweb.
Mirando tu sitio, puedo decir que fácilmente podría ser estructurado usando etiquetas <div> y CSS. ¿El motivo? No lo dicen dos o tres personas aquí, es una tendencia general y tiene sus fundamentos. Las tablas están hechas para mostrar registros como podría ser un listado de clientes con sus datos personales (y miles de cosas más). Las tablas están hechas para ese tipo de cosas, nada te dice que una web deba ser maquetada de la misma manera que está hecha una tabla, porque no hay ninguna relación entre ambas cosas. Las capas, en cambio, sí están pensadas para eso. Si practicas un poco con CSS (en caso de que no lo domines), vas a conocer el potencial de las capas combinadas con CSS y te darás cuenta de que, a pesar de que en ocasiones no es fácil lograr lo que queremos (probablemente porque esas cosas se mejoran con el tiempo), se pueden lograr cosas que con tablas sería directamente imposible, o muy engorroso. El código fuente, incluso, queda menos sobrecargado y más limpio usando <div>.
Fíjate, por ejemplo, el sitio
http://www.csszengarden.com/. El HTML nunca cambia, pero hay varios temas para elegir que cargan una hoja de estilos distinta. Es realmente útil separar la estructura del estilo, como en otros ámbitos del software es útil la modularización.
Sólo es una recomendación, yo también comencé maquetando en tablas y terminé dejándolas atrás cuando pude manejarme con CSS. En algún momento también usé frames, antes de las tablas, y también los dejé atrás.
Un saludo.