Sin conocer la estructura de la página es dificil darte una solución exacta, pero según como lo comentas, un ejemplo básico:
Código PHP:
Ver original<?php
$html = '<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title>Titulo</title>
</head>
<body>
<div id="contenido">
<div class="top">
<p><a href="http://link1">link 1</a>
<a href="http://link2">link 2</a>
<div><a href="http://link3">link 3</a></div>
</div>
</div>
</body>
</html>';
$doc = new DOMDocument();
$doc->loadHTML($html);
$xpath = new DOMXPath($doc);
$enlaces = $xpath->query('//div[@class="top"]//a');
foreach ($enlaces as $l) {
echo $l->attributes->getNamedItem('href')->nodeValue . '<br />';
}
Así sacas todos los href que estén dentro de un div con el atributo class=top