Ciao
En mi opinion aqui hay varias cosas:
Joomla ultima version es muy seguro, pero no todos los sitios web estan actualizados a la ultima version, por tanto si un hacker conoce una puerta de entrada a una version anterior y en un servidor encuentra una web hecha con esa version podra entrar.
Algunas extensiones de Joomla tienen problemas de seguridad y son peligrosas, hay una lista de extensiones peligrosas en joomla.org que casi nadie lee ni le hace puñetero caso.
por otro lado, seguro, seguro no hay nada, si los hackers han conseguido entrar en la web de la Cia...
Cita:
Iniciado por mrsorpresa 
...Pues bueno, según el departamento técnico del servidor, toda la movida (que no sólo afectó a mis páginas sino a las de otros clientes) se debe al joomla...
Me parece muy comodo y conveniente, esto lo tendrian que demostrar con hechos no dandole la culpa al arbitro.