no es que no puedas embeber o combinar, sino el modo en que lo haces.
un código "feo" es difícil de mantener que un código bien ordenado, por ejemplo ¿que utilidad tiene hacer
echo como loco para imprimir todo el contenido HTML?
por sierto los short tags en PHP están depreciados, por lo que quedaría:
dentro de las buenas practicas encuentras muchos patrones, el más común es el MVC donde puedes usar un motor de plantillas en las vistas para aligerar la carga de PHP en las mismas y darles un atractivo mayor para los diseñadores y maquetadores, entre ellos existe smarty y últimamente twig, conde lo anterior quedaría como:
en fin, todo depende de como lo implementes y en la manera en que sea más organizado y cómodo para mantener.