Hola,
No estoy muy seguro (es cosa de HTML), pero creo que con los iframes funciona el atributo target de los <a> como con los frames normales. Si es asi, solo tendrias que poner el target al padre en los links de las paginas que aparecen dentro del iframe.
Pero te advierto que no estoy seguro. Pregunta en HTML.
Saludos.